福州保税港位于福清的福州新港(江阴港区)，总面积9.2平方公里，由福州保税物流园区、铁路物流园区、福清出口加工区及福州新港1#至9#码头等四个区域整合，是在港口作业区和与之相连的特定区域内，集港口作业、物流和加工为一体，具有口岸功能的海关特殊监管区域。福州保税港区享受保税区、出口加工区相关的税收和外汇管理政策，是国内开放层次最高、优惠政策最多、运行规则基本与国际接轨的一种新的自由贸易港区模式。
福州保税港区集保税区、出口加工区、保税物流园区和港口功能于一身，具备港口作业、国际中转、国际配送、国际采购、转口贸易、出口加工、商品展示以及研发、检测和售后服务维修八大功能。
从政策上来看，福州保税港区享受保税区、出口加工区相关的税收和外汇管理政策。福州保税港区主要税收政策为：境内外进入保税港的货物予以保税，免征关税和进口环节税；货物出港区进入境内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税；境内货物进入保税港区视同出口，予以退税；货物在港区内可以自由流通，不征增值税和消费税；保税港区与境外之间进出的货物，除国家禁止进出口和实行出口被动配额管理的外，不实行进出口配额、许可证管理；放宽对保税港区进出货物的外汇管制，无需办理出口收汇核销和进口付汇核销。
从通关上来看，福州保税港实行“封关运作、监管合一、高效透明”的管理模式，其监管模式特点概括起来就是：政策高地、数字监管、新型模式、立体服务。为实现便捷通关，将允许来自台湾的货物或台资企业经营的其他货物经保税港区运往大陆其他地区时，实行“分批出货、定期集中报关”；对台湾地区与保税港区之间往来货物，进入保税港区后，实施 “一次申报、一次查验、一次放行”的通关模式。
